由于太阳能热水器的水箱是经过储水箱的储存，经热能转换后成为热水又供给用户，所以热水器的内外质量是影响使用卫生的关健。太阳能热水器水箱有采用铝、铝合金、不锈钢、石英玻璃等材料制成，不锈钢优于其他铝材、角铁、彩钢等材料，储水质量和保温性能较好，不易出现水垢、锈迹。而据专家介绍，太阳能热水器水箱属于二次储水，即将自来水储蓄一段时间后才使用。
通常，从城市自来水送出的自来水，都是经过严格净化处理和消毒的，水质符合我国《生活饮用水标准》，但是，自来水从水厂输出后，流入输水管网再到各个用户的过程中，就有可能再次受到污染。例如输水管、水箱的内壁都是与生活用水接触最密切的部位，其内壁涂料的质量会直接影响到水质，如果太阳能热水器储水箱的密封不严，铝制或铁制的水箱内易生锈、生藻，使其含有水溶性的有毒成分，甚至具有致癌性的成分溶入水中，就造成了对水质的污染。